４日に近畿地方を直撃した台風21号で、彦根城など市内各地で建物の損壊や事故、農作物の被害が発生した。
彦根城では天守２層目の漆喰壁が幅４・５㍍×高さ３㍍にわたってはがれたほか、玄関や多門櫓の一部もはがれ落ちた。天秤櫓や二の丸佐和口多門櫓にも被害があり、倒木の影響で表門、大手門からの山道が通行できなくなり、彦根城と彦根城博物館が同日、休館となった。玄宮楽々園では臨池閣の屋根が一部破損し、槻御殿の楽々の間と地震の間の屋根などが壊れた。屋形船の船着場の建物も崩壊した。
佐和山城跡では登山道が倒木などで登れないため、安全が確保されるまで通行止めになっている。文化財では国の登録有形文化財の旧石橋家住宅（芹町）の塀が倒壊、市指定文化財の金亀会館（中央町）が玄関や小窓のガラスが割れ、辻番所（芹橋）の壁がはく落した。犬上郡では西明寺（甲良）の国宝の本堂で屋根と基礎部分が一部損壊し、県指定文化財の念称寺（甲良）本堂の屋根板が壊れた。
市内では、戸賀町から高宮町にかけての「くすのき通り」で建物のトタン屋根と見られる鉄板が自動車２台にぶつかり、一時通行止めになった。石寺町の県道では午後２時半ごろ、トラックが横転し運転していた米原市の女性（50）が右腕に軽傷を負う事故が発生した。また強風であおられて68歳から89歳までの男女３人が転倒。彦根市消防本部によると、この台風でのけが人は計８人だった。 彦根梨もほとんどの梨園で落下する被害が出た。各梨園では台風予防として横面の青色と上部の白色の網で樹木の周囲を覆っているが、台風の横風で上部の白色の網が飛ばされて、強風を受けた樹木で被害が出た。市によると、これから収穫のピークを迎える豊水の２割にあたる約３万個が落下したという。平成13年から収穫している山田吉数さん（73）は幸水77本と豊水33本を育てているが、３日前から収穫を始めた豊水の１割ほどが落下。「病害を除いて風による被害として過去最大。自然相手だから仕方ないけれど」と話していた。
市内ではほかにも各所で建物の損壊、塀の倒壊、倒木などの被害が出た。